Deployment Assembly > Web Deployment Assembly で指定できます。
しかし、Eclipseのバージョンが古い場合、この項目自体がないので、
以下のファイルを直接編集することで実現できます。
yourWorkspace/yourProject/.settings/
org.eclipse.wst.common.component
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><project-modules id="moduleCoreId" project-version="1.5.0">
<wb-module deploy-name="hoge">
<wb-resource deploy-path="/" source-path="/WebContent" tag="defaultRootSource"/>
<wb-resource deploy-path="/WEB-INF/classes" source-path="/src"/>
<property name="context-root" value="hoge"/>
<property name="java-output-path" value="/hoge/build/classes"/>
</wb-module>
</project-modules>
wb-resourceタグのdeploy-path属性にはデプロイ先、source-path属性には出力したいプロジェクトにあるソースのパスを指定します。
例えば、デプロイしたいコンテンツが同じディレクトリ以下にないような場合でも、
wb-resourceタグを追加する事により、別のディレクトリもデプロイ対象に含める事が可能です。