compilationTimeoutがデフォルト値として、5分になっているからでした。
公開されているWebのドキュメントは古いので、設定できる内容はソースを確認した方がよいです。
余談ですが、compileThreadsというJSPをコンパイルする時のスレッド数を設定するものもありました。
とりあえず2にしてみたところ、時間が半分程度になりました。
ビルドするマシンパワーに余裕があるのであれば、うまく調整するとよいと思います。
Maven plugin to do JSP Compliation
