一旦、tsファイルを作成し、tsファイルを結合してmp4ファイルを作成するという手順です。
下記のコマンドは、FFmpegのWikiからの引用です。
ffmpeg -i input1.mp4 -c copy intermediate1.ts
ffmpeg -i input2.mp4 -c copy intermediate2.ts
ffmpeg -i "concat:intermediate1.ts|intermediate2.ts" -c copy output.mp4
Using intermediate files
FFmpeg